ปัญหาสุขภาพเป็นปัญหาใหญ่ที่มากับอุทกภัยครั้งนี้เช่นกัน หลังศูนย์ช่วยเหลือแรงงานที่บางปะอินแสดงความต้องการมานานว่า อยากได้หน่วยแพทย์ลงมาดูแลสุขภาพของผู้ประสบภัยน้ำท่วม ในที่สุดเมื่อวันที่ 19 พฤศจิกายน พ.ศ.2554 ศูนย์ดูแลสุขภาพผู้ประสบภัย รวมไทยอาสา โดยเครือข่ายโรงพยาบาลพญาไท-เปาโล ก็ได้ยกคณะแพทย์และอาสาสมัครลงพื้นที่ศูนย์ช่วยเหลือแรงงานบางปะอิน เพื่อทำการตรวจสุขภาพของผู้ประสบภัยที่วันนี้แวะเวียนมารับสิ่งของยังชีพตามนัดหมายกว่า 500 คน มีทั้งเด็ก ผู้ใหญ่ และคนสูงวัยทะยอยเข้ามารับการตรวจสุขภาพ และรับยาที่แพทย์จ่ายให้กันอย่างคับคั่ง
